2024年4月1日現在、社会科学研究所は、比較現代法、比較現代政治、比較現代経済、比較現代社会、国際日本社会の5部門、および附属社会調査・データアーカイブ研究センター、「地域安全・持続社会システム」社会連携研究部門の各部門によって構成されています。

　教授22名（兼担1名含む）、准教授14名（任期付き2名含む）、助教6名（すべて任期付き）、特任教授1名、特任准教授2名、特別教授1名、特任助教4名、特任研究員10名です。これに、客員研究員、各種研究員（受託研究員、私学研修員）、日本学術振興会特別研究員（PD）、同外国人特別研究員を、それぞれ受け入れています。

　東京大学は、2000年度に情報学の新たな研究教育組織として「情報学環」および「学際情報学府」を設置しましたが、そのさい、社会科学研究所も助教授ポスト1を提供して学内諸部局とともにこれに協力しました。現在このポストに教授1名を派遣しております。このポストは流動ポストとして運用され、引き続き社会科学研究所との人事上の連携が維持されています。

　事務部は、事務長、庶務担当・研究協力担当・財務担当からなる総務チーム7名、図書担当・資料雑誌担当からなる図書チーム7名の合計15名によって構成しています。また、情報システム担当のシニアエキスパート1名、SSJ データアーカイブ担当の技術専門職員（アーキビスト）1名がいます。このほか、学術専門職員14名、特任専門職員6名、事務補佐員3名を雇用しています。