社会科学研究所の主な収入源は、運営費交付金です。このうち、大部分の常勤教職員の人件費は大学本部において一括管理され、大学運営費交付金の部局相当分が、以下のとおり研究所に配分されています。

　第1は、運営費交付金の一部および間接経費・奨学寄附金の一部によって形成される全学教育研究資金から配分される部局長裁量経費です。

　第2は、間接経費の一部および奨学寄附金のうち全学教育研究資金への控除を除いた部分によって形成される研究所の基金です。

　このほか、研究所では、毎年、多数の科学研究費の交付を受けています。

　国立大学法人に対する運営費交付金の逓減メカニズムが導入されてきたなかで、研究所の収入を確保する主な方法は、(1)部局機能強化経費の新規配分を求める概算要求、(2)全学教育研究資金等からの学内配分、(3)間接経費および奨学寄附金等の外部資金や受託研究等の受け入れ、（4）共同利用・共同研究拠点に対する拠点経費、および個々の研究スタッフによって使用される(5)科学研究費等の外部資金の獲得となっています。

　このうち、科学研究費については、限られた総枠のなかで厳しい競争が行われており、自然科学系と比べて一般に要求額の低い人文社会科学系にとっては狭き門となっています。そのため、専門分野基礎研究から全所的プロジェクト研究に至るまで、科学研究費をはじめとする外部資金によって必要な研究費の主要部分を賄う必要性がますます高まっています。研究所においても、このことを重視して科学研究費等の外部資金の申請を督励しており、その成果も現われています。

　しかし、運営費交付金を補うべき資金の多くは、時限を定めたプロジェクト対応型の資金であり、少額でも持続的・安定的な資金を必要とする事業・費目には必ずしも適合的ではないことに注意しなければなりません。この点については、研究所としての工夫を今後とも重ねると同時に、必要に応じて制度的改善をも求めてゆきます。