社会科学研究所は1946年8月、勅令第349号により東京帝国大学に附置され、「本邦公法、本邦内政、本邦経済産業、英国、米国」の5部門編成で出発した。社会科学研究所が設置された背景には、敗戦後の東京大学再生を目指す、当時の南原繁総長のイニシアチブが存在した。1946年3月に起草された「社会科学研究所設置事由」によれば、「本研究所の企図する所は広く世界各国の法律、政治、経済の制度及び事情に関し正確なる資料を組織的、系統的に蒐集し、且つこれが厳密に科学的比較研究を行うにあり」とされ、戦時中の苦い経験の反省にたって「我が国が今後民主主義的平和国家として諸政の一新をなすに当たりては」、日本における社会科学の面目を一新させることが必要であるとされたのである。初代の研究所長には矢内原忠雄が就任し、1947年2月に開所記念講演会が開催された。以降2月1日をもって研究所の開所記念日としている。

　1949年5月、学制改革により、社会科学研究所は国立学校設置法に基づき、東京大学附置研究所となった。

　設置以来、社会科学研究所は当初の5部門から次第に陣容を整備・拡大した。1951年には部門数が11、1965年には部門数12となる。既存の5部門に加えて、本邦私法、本邦財政金融、本邦社会調査、ドイツ、フランス、ソ連邦、中国の各部門が補強され、先進諸国を中心とした総合的な比較研究を推進する体制が構築された。

　1950年代の末以降、東京大学においてアメリカを含めて広く諸外国の研究を目的とする「国際問題研究所」を設立する構想が検討された。社会科学研究所は、これに対して社会科学研究所の改組拡充をもって、外国研究・地域研究の進展を図ることを提案し、これが全学の方針として受け入れられて、1967年に社会科学研究所改組拡充計画が承認された。

　この改組拡充計画の実現によって、社会科学研究所は、1973年には基礎研究部門(日本研究部門)8部門、地域研究部門(外国研究部門)9部門、合計17部門の研究所に発展し、1979年には客員部門がさらに整備された。この段階での部門編成は、基礎研究部門として、私法、公法、社会法、政治、農業、工業、財政金融、及び労働、地域研究部門として、ヨーロッパ圏法律、ヨーロッパ圏政治、ヨーロッパ圏経済第一(イギリス)、ヨーロッパ圏経済第二(大陸)、アメリカ圏政治、アメリカ圏経済、社会主義圏法律、社会主義圏政治、及び社会主義圏経済、そして客員部門として比較法の合計18部門である。

　80年代には、社会科学研究における領域と課題の多様化に対応し、国際比較及び学際的総合研究の一層の推進を図るために、大部門制への移行が課題となった。1985年にこれが認められ、比較現代法、比較現代政治、比較現代経済および比較現代社会の4大部門22研究分野(うち客員分野1)の研究体制となった(教授21、助教授13、客員各1)。1992年には、研究活動の一層の国際化を図るべく外国人客員部門(1ポスト・国際現代日本社会)の設置が認められた。

　社会科学研究の国際化・情報化に対応する研究体制の構築は、90年代の社会科学研究所にとって重要な課題となった。数年の準備の後、1996年、社会科学研究所に日本社会研究情報センターを附置することが認められた(教授・助教授各2、外国人客員2ポスト)。センターは「ネットワーク型組織」および「調査情報解析」の2研究分野を有し、日本社会研究のグローバル化とそれを支える情報ネットワークの形成と発展のために、かつ、社会科学研究所の情報基盤として、設立来4年目の今日、すでに多様な活動を展開している。

　社会科学研究所は、創設の趣旨にみあって、設立以来、法学部及び経済学部と密接な協力関係をもって、運営されてきた。初期には(1953年度まで)両学部からの併任教授が教授会に参加し、生成時代の研究所の管理運営に協力した。両学部に併任教授を依頼する慣行は、その後一時期中断があったが、1964年度から復活した(ただし教授会には出席しないことで了解された)。その後学内併任教授のポストが制度上認められなくなったので、1986年度以降は「研究委嘱」という形式で法経両学部に毎年各2名を依頼している。研究委嘱には、全所的プロジェクト研究を中心とした研究所の研究活動面での協力と共に、研究所とそれぞれの学部とのリエゾン役が期待されている。

　大学院教育への参加について、本研究所のスタッフは、東京大学に大学院が設置されて以降、1953年度から社会科学研究科において、1963年度以降は法学政治学研究科、経済学研究科及び社会学研究科(1996年以降は人文社会系研究科)において大学院教育を担当している。また一部のスタッフは1983年以降は総合文化研究科においても、さらに1999年度からは新設された新領域創成科学研究科においてもそれぞれ大学院教育を兼担している。

　1997年2月6日、社会科学研究所は創立50周年の記念式典を挙行した。この機会にあらためて学内外、国内外から寄せられた批判を受け止め、またその期待に応えるべく、社会科学研究所は、21世紀に向けて世界と日本が直面する課題に真正面から取り組む社会科学の構築を目指している。1999年度に実施する総合的な外部評価は、そのような課題に向けて本研究所の研究体制と研究活動を点検し、その将来像を明らかにすることに資するものである。